Gastroskop i kolonoskop, zajedno s dodatnim specijaliziranim pomoćnim instrumentima, potencijalni su put prijenosa infekcije. Stoga se prije svakog endoskopskog pregleda primjenjuje čišćenje, dezinfekcija i sterilizacija prema usvojenim medicinskim smjernicama za sterilizaciju instrumenata i pomoćnih sredstava te radnih površina čime su u cijelosti izbjegnute mogućnosti prijenosa različitih infekcija.
